Come vanno fatturate le prestazioni sanitarie?

I professionisti sanitari e le aziende del settore devono rispettare regole precise quando si parla di fatturazione delle prestazioni sanitarie, soprattutto alla luce delle evoluzioni normative degli ultimi anni. Comprendere come fatturare correttamente non è solo una questione fiscale, ma anche un modo per evitare errori che possono tradursi in sanzioni o inefficienze operative. 

Nel 2026 il quadro è ormai più stabile: alcune regole introdotte negli anni precedenti sono diventate prassi consolidate, in particolare per quanto riguarda la distinzione tra prestazioni verso pazienti e prestazioni verso soggetti con partita IVA. In questa guida vediamo come gestire correttamente una fattura per prestazioni sanitarie, con esempi pratici e indicazioni operative. 

L’obbligo di fattura cartacea per le prestazioni sanitarie e veterinarie 

Al momento vige ancora l’obbligo di fattura cartacea per le prestazioni sanitarie e veterinarie, come stabilito dal DL 124/2019. In particolare, i professionisti che esercitano l’attività sanitaria devono emettere le tradizionali fatture cartacee, da consegnare al cliente di persona o inviandole via email o tramite altri mezzi soltanto dietro un’apposita autorizzazione da parte del cliente. 

Questo meccanismo non è un’eccezione tecnica, ma una scelta normativa precisa: le fatture sanitarie verso persone fisiche non devono transitare dal Sistema di Interscambio per garantire la tutela dei dati sensibili. 

Allo stesso tempo, però, i professionisti sono tenuti a trasmettere i dati delle prestazioni al Sistema Tessera Sanitaria (STS), con cadenza periodica. Sarà poi il sistema a mettere queste informazioni a disposizione dell’Agenzia delle Entrate, rendendole utilizzabili nella dichiarazione dei redditi precompilata del paziente. 

Per comprendere meglio come cambia la gestione operativa in base al destinatario della prestazione, può essere utile mettere a confronto i due scenari principali. 

Aspetto	Prestazione a paziente  (persona fisica)	Prestazione a società/professionista
Tipo di fattura	Fattura sanitaria non trasmessa allo SDI	Fattura elettronica
Invio allo SDI	Non previsto	Obbligatorio
Trasmissione dati	Sistema Tessera Sanitaria (STS)	Sistema di Interscambio (SDI)
Finalità normativa	Tutela dei dati sanitari	Tracciabilità fiscale
Errore più comune	Inviare la fattura allo SDI	Non emettere fattura elettronica

Le fatture emesse dai professionisti del settore sanitario devono comunque contenere alcuni dati obbligatori, che permettono di garantire correttezza fiscale e tracciabilità dell’operazione.  

Quali dati deve contenere una fattura per prestazioni sanitarie 

Per essere valida, una fattura per prestazioni sanitarie deve includere tutti gli elementi previsti dalla normativa, con particolare attenzione alla chiarezza e alla tracciabilità delle informazioni. 

Nel documento devono comparire, in modo completo e coerente: 

• una numerazione progressiva che consenta di identificare univocamente la fattura nel tempo; 

• i dati del professionista e del paziente, inclusi gli elementi necessari per la corretta identificazione fiscale; 

• una descrizione della prestazione che permetta di comprendere la natura dell’attività svolta, senza entrare in dettagli sensibili non necessari; 

• l’importo della prestazione e l’eventuale indicazione di esenzione IVA ai sensi dell’art. 10 del DPR 633/72, quando applicabile. 

Una compilazione accurata è fondamentale non solo per rispettare gli obblighi fiscali, ma anche per garantire una corretta gestione dei dati nel Sistema Tessera Sanitaria. 

Chi è sottoposto all’obbligo di fattura cartacea per le prestazioni sanitarie? 

L’obbligo di emissione della fattura per prestazioni sanitarie riguarda una platea ampia di operatori, che include sia liberi professionisti sia strutture organizzate. 

Rientrano, ad esempio, tra i soggetti interessati i professionisti che esercitano attività sanitaria in forma individuale, in particolare:  
 
– chirurghi 

– odontoiatri 

-veterinari 

– psicologi 

– infermieri  

– biologi iscritti all’albo.  

Accanto a questi, la normativa coinvolge anche realtà strutturate del sistema sanitario, come farmacie e parafarmacie, aziende sanitarie locali, istituti di ricovero e di cura, policlinici universitari e aziende ospedaliere.  

In tutti questi casi, la gestione della fatturazione prestazioni sanitarie deve rispettare le stesse logiche di tutela dei dati e tracciabilità fiscale. 

Quando bisogna emettere fattura per le prestazioni sanitarie? 

L’obbligo di emettere la fattura cartacea per le prestazioni sanitarie esiste per tutti i professionisti con partita IVA che esercitano l’attività sanitaria. In questi casi il professionista deve rilasciare la fattura una volta ricevuto il pagamento da parte del cliente, in genere entro la giornata, oppure entro i 12 giorni successivi quando viene emessa un’apposita ricevuta con tutti i dati del professionista e del cliente. 

In caso di pagamenti frazionati, invece, è obbligatoria l’emissione di una fattura per ciascun acconto versato dal cliente. Ovviamente il professionista può anche concordare con il cliente il pagamento della prestazione soltanto al termine del ciclo di cure. In questa circostanza, l’obbligo di emissione della fattura cartacea scatta solamente quando il cliente verserà il corrispettivo previsto dalla prestazione erogata. 

Quando è obbligatoria la fattura elettronica per le prestazioni sanitarie? 

Nella maggior parte dei casi, i professionisti sanitari non trasmettono la fattura allo SDI quando la prestazione è rivolta a una persona fisica. Questo perché la normativa, confermata anche dall’Agenzia delle Entrate e dal Garante Privacy, tutela i dati sensibili dei pazienti: la fattura per prestazioni sanitarie viene quindi emessa senza invio allo SDI e i dati sono trasmessi al Sistema Tessera Sanitaria. 

La situazione cambia quando il destinatario è un soggetto con partita IVA. In questo caso, la fatturazione elettronica per prestazioni sanitarie diventa obbligatoria e il documento deve essere inviato tramite SDI, come avviene per qualsiasi rapporto tra operatori economici. È il caso, ad esempio, di consulenze o incarichi svolti per aziende, enti o altri professionisti. 

Per chiarire le differenze operative, ecco uno schema che sintetizza i casi più frequenti: 

Scenario	Tipo di prestazione	Modalità di fatturazione	Trattamento IVA	Canale trasmissione
Visita a paziente	Sanitaria	Fattura non inviata allo SDI	Esente (art. 10)	Sistema Tessera Sanitaria
Consulenza ad azienda	Non sanitaria	Fattura elettronica	IVA 22%	SDI
Prestazione sanitaria a società	Sanitaria	Fattura elettronica	Esente (se sanitaria)	SDI
Prestazione mista	Sanitaria + non sanitaria	Fattura separata per voci	Misto	STS + SDI

Infine, nelle prestazioni verso soggetti IVA resta l’obbligo della ritenuta d’acconto del 20%, mentre nei casi misti è fondamentale distinguere correttamente le componenti per evitare errori fiscali. 

Le novità sulla fatturazione elettronica delle prestazioni sanitarie 

Negli ultimi anni la fatturazione elettronica delle prestazioni sanitarie è stata oggetto di diverse proroghe normative, introdotte per garantire la tutela dei dati sensibili dei pazienti. 

Fino al 31 marzo 2025, infatti, era in vigore il divieto di trasmissione delle fatture sanitarie allo SDI per le prestazioni rese nei confronti di persone fisiche, come previsto dal Decreto Milleproroghe. 

Nel 2026 questo quadro può essere considerato ormai consolidato: per le prestazioni sanitarie rivolte a pazienti, la fattura continua a non essere trasmessa allo SDI, mentre resta obbligatoria la comunicazione dei dati al Sistema Tessera Sanitaria. 

Parallelamente, rimane pienamente operativo l’obbligo di fatturazione elettronica per tutte le prestazioni rese verso soggetti con partita IVA, secondo le regole ordinarie. 

Questo doppio binario rappresenta oggi un elemento strutturale della gestione fiscale nel settore sanitario, e richiede particolare attenzione nella distinzione tra le diverse tipologie di prestazione.  

Come semplificare la gestione della fatturazione sanitaria 

Gestire correttamente la fatturazione delle prestazioni sanitarie può diventare complesso, soprattutto per chi si trova a operare contemporaneamente con pazienti privati, aziende e altri professionisti. 

In questo contesto, l’utilizzo di strumenti digitali rappresenta un supporto concreto per organizzare le attività e ridurre il rischio di errori. Un software dedicato consente, ad esempio, di gestire in modo coordinato la creazione delle fatture, la trasmissione dei dati al Sistema Tessera Sanitaria e la conservazione dei documenti nel rispetto della normativa vigente. 

Inoltre, queste soluzioni permettono di semplificare operazioni quotidiane come la predisposizione di proforma e preventivi, il monitoraggio delle scadenze e l’archiviazione a norma dei documenti per il periodo previsto dalla legge. 

L’adozione di un sistema strutturato non è quindi solo una scelta organizzativa, ma un modo per garantire maggiore controllo sui flussi amministrativi e affrontare con più serenità gli adempimenti richiesti.  

Domande Frequenti